案例：A市B公司为国有企业，2004年5月，其投资10万元对一石灰岩矿进行勘查，并取得探矿权，有效期2年。2006年2月17日，B公司向A市国土资源局递交材料，申请其勘查区内的采矿权。A市国土资源局认为，B公司为国有企业，其出资勘查在性质上属于国家出资，申请采矿权时要缴纳采矿权价款。同时，根据国土资源部于2006年1月24日发布的《关于进一步规范矿业权出让管理的通知》（国土资发［2006］12号），石灰岩矿属于三类矿产，应以招拍挂的方式出让采矿权。因此，A市国土资源局口头告知B公司不受理其采矿权申请。
B公司申请采矿权时是否要缴纳采矿权价款？该石灰岩矿采矿权是否应以招拍挂的方式出让？

分析：　
根据《矿产资源开采登记管理办法》（国务院令第241号）第10条的规定，申请国家出资勘查并已经探明矿产地的采矿权的，采矿权申请人缴纳采矿权使用费外，还应当缴纳经评估确认的国家出资勘查形成的采矿权价款。B公司是否应缴纳采矿权价款，关健是看B公司申请的采矿权是否为“国家出资勘查并已经探明矿产地的采矿权”。
“国家出资勘查”是一个特定的概念，指中央财政和地方财政以地质勘探费、矿产资源费、探矿权采矿权使用费和价款收入以及各种基金等投入矿产资源勘查开发的。根据这一概念，B公司虽是国有企业，但其是利用自有资金勘查的，不属于上述几类资金，不能视为国家出资。在申请其勘查区内的采矿权时，不需要缴纳采矿权价款。
近几年来，国土资源部出台了一系列的政策性文件，矿产资源管理工作不断规范化。2006年1月24日国土资源部发布了《关于进一步规范矿业权出让管理的通知》（国土资发［2006］12号，以下简称《通知》），与2003年6月11日国土资源部颁布的《探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法（试行）》 （国土资发［2003］197号）相互补充，开创矿产资源分类管理的先河。《通知》规定，对《分类目录》规定的第三类矿产，不再设探矿权，而以招标拍卖挂牌方式直接出让采矿权。
《通知》未规定溯及既往，只适用2006年1月24日以后设定矿业权的情形。石灰岩虽为《分类目录》规定的第三类矿产，但B公司于2004年取得了该石灰岩矿的探矿权，因此，不适用《关于进一步规范矿业权出让管理的通知》中“对第三类矿产不再新设探矿权而直接以招拍挂的方式授予采矿权”的规定。
根据《矿产资源法》的规定，国家保护探矿权不受侵犯，在已设置探矿权的勘查区内不能再设置新的探矿权和采矿权。因此，在B公司勘查许可证未到期前，不能以招拍挂的方式设置新的采矿权。同时，根据《矿产资源法》第6条的规定，探矿权人有权在划定的勘查作业区内进行规定作业，有权优先取得勘查作业区内矿产资源的采矿权。
《探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法（试行）》第10条也规定，探矿权人依法申请其勘查区块范围内的采矿权，主管部门不得以招标拍卖挂牌的方式授予。因此，该石灰岩矿采矿权不能以招拍挂的方式授予，B公司可以依申请优先取得该矿区的采矿权。
另外，据《行政许可法》第32条的规定，A市国土资源局不受理B公司采矿权登记申请，应向B公司说明理由，并出具加盖其公章和注明日期的书面凭证，不能只进行口头通知。